Voix des éditeurs est un blog du département des publications d’AGU.
Les chercheurs sont des ordinateurs portables utilisant le calcul pour partager des flux de travail et des analyses de données avec d’autres. Ils sont également utilisés en classe, étant des outils efficaces pour enseigner la science des données et d’autres sujets. Les services informatiques de recherche mettent souvent en avant leur prise en charge des ordinateurs portables comme méthode pour interagir avec leurs services et faciliter la collaboration et le partage (par exemple, Princeton, Caltech). En conséquence, les ordinateurs portables deviennent rapidement omniprésents dans les flux de travail de recherche.
Jupyter et RStudio sont deux environnements de développement de premier plan dans le domaine des cahiers de calcul. GitHub, une plate-forme populaire de collaboration et de partage de code, y compris des blocs-notes, affiche actuellement 4 millions de résultats de code pour “.ipynb”, l’extension de fichier utilisée pour Jupyter, tandis que l’extension “.rmd” R utilisée, par exemple, dans RStudio, a 2,7 millions de résultats de code. Nous avons constaté une croissance progressive de la préservation et de la citation de logiciels principalement via GitHub et Zenodo, un référentiel maintenu par le CERN et OpenAire, passant d’environ 2 000 enregistrements en 2014 à 73 000 en 2021.
Jupyter Notebooks a commencé comme IPython, un shell de commande pour l’informatique interactive principalement en Python. Depuis sa sortie initiale en 2001, IPython est maintenant devenu la communauté Project Jupyter dont l’objectif est de “développer des logiciels open source, des normes ouvertes et des services pour l’informatique interactive dans des dizaines de langages de programmation”. L’environnement de développement intégré RStudio pour le langage de programmation statistique R a été initialement publié en 2011. Peu de temps après, R Markdown, une approche permettant d’intégrer des morceaux de code R dans des documents Markdown, a été introduite dans le package knitr. Posit (la société précédemment connue sous le nom de RStudio) a récemment développé Quarto, la prochaine génération de R Markdown. Quarto est open source avec prise en charge du code écrit en R, Python, Julia et Observable JavaScript.
Les blocs-notes fusionnent les récits de recherche avec des données, une visualisation et un code exécutable pour créer une expérience interactive.
Les blocs-notes fusionnent les récits de recherche avec les données, la visualisation et le code exécutable pour créer une expérience interactive permettant aux autres de parcourir votre flux de travail et votre analyse de calcul. Pour cette raison, les cahiers ont également été un outil pédagogique efficace en classe (par exemple Data8). Les avancées dans le développement des ordinateurs portables ont facilité le lancement d’une plate-forme virtuelle, la mise en route du codage et leur utilisation tout en les intégrant dans vos flux de travail de recherche (par exemple, OpenScapes).
Chez AGU, nous avons constaté un intérêt croissant pour la publication de cahiers de groupes tels que EarthCube, où ils présentent un appel annuel à leur communauté pour partager et publier des flux de travail interactifs et des analyses de recherche. Les cahiers des appels EarthCube sont publiés sur le serveur de préimpression de l’AGU, Earth and Space Science Open Archive ou ESSOOR. Dans les revues de l’AGU, par exemple, le Journal des avancées dans la modélisation des systèmes terrestres (JAMES), les éditeurs ont souligné les avantages du partage des cahiers pour comprendre les modèles sous-jacents présentés dans les articles. La Sciences de la Terre et de l’Espace journal a également vu l’intérêt de publier des cahiers en tant que document de recherche lui-même.
AGU travaillera avec la communauté des blocs-notes de calcul pour concevoir et mettre en œuvre un flux de travail de publication pour les blocs-notes de calcul.
AGU a récemment publié deux brefs guides sur la publication de cahiers, Erdmann et al. (2021a,b). Le guide a été co-développé avec les membres de la communauté et continue d’évoluer. Il a également inspiré la subvention de la Fondation Alfred P. Sloan récemment financée pour soutenir l’avancement des cahiers en tant qu’objet de recherche principal dirigé par l’AGU. Guidé par un comité directeur d’experts, l’AGU travaillera avec la communauté des blocs-notes informatiques pour concevoir et mettre en œuvre un flux de travail de publication pour les blocs-notes informatiques sur une période de 18 mois à compter de juillet 2022. La fonctionnalité interactive des blocs-notes est perdue pendant la publication, qui est principalement encore basé sur le texte. Le projet, appelé Notebooks Now! cherchera à maintenir l’interactivité des blocs-notes dans les flux de travail de publication, à documenter efficacement les flux de travail reproductibles, à élargir l’accès équitable à la recherche informatique et à étendre de nouvelles formes de contribution à la communauté de recherche au sens large. De plus, cet effort comprend le développement de solutions pilotes qui élèveront les cahiers en tant que format dans l’édition savante. Vous pouvez en savoir plus sur Notebooks Now ! sur le site du projet.
Ces dernières années, nous avons constaté une utilisation accrue des cahiers dans les résumés (présentations et affiches) soumis aux réunions annuelles de l’AGU et nous cherchons des moyens d’élever et d’encourager leur utilisation dans notre communauté. Veuillez nous faire savoir via ce formulaire si vous souhaitez rester connecté à ces efforts et / ou fournir des commentaires.
—Christopher Erdmann (CErdmann@agu.org, 
